还发布了重开五军都督府的命令，并明示了五军都督府的职权。
以秦良玉为大都督府大都督，太子太保、一品夫人。
以祖大寿为中军都督府左都督、断事官，正一品武职；
以左光先为都督同知，从一品武职。
以杨国柱为左军都督府左都督，正一品武职。
以祖大乐为都督同知，从一品武职。
以左良玉为右军都督府左都督，正一品武职。
以汤九州为都督同知，从一品武职。
以贺人龙为前军都督府左都督，正一品武职。
以刘泽清为都督同知，从一品武职。
以艾万年为后军都督府左都督，以正一品武职。
王朴为都督同知，从一品武职。
新设五军军法处，专管各部官军军纪，以虎大威为左都督，正一品武职。
以祖大弼为都督同知，从一品武职。
新设五军军资处，专管各部官军物资军械补充调配，以尤世威为左都督，正一品武职；
以陈永福为都督同知，从一品武职。
以白光恩为都督佥事，正二品武职。
对皇帝的安排感到不满的就是这批将领中的少数人。
有些人本以为自己率部参与了灭国之战，最后会有勋贵职位的赏擢，没想到却只是得了个不能世袭的高品武职，所以暗地里都是牢骚满腹，觉得皇帝亏待了自己，但事实已经摆在眼前，再怎样也只能乖乖听命行事。
在大军云集的辽东，尤其是以勇卫营、秦军、京营等朝廷新军为主的现在，不管是不是心里有刺，都得忍气吞声服从安置，就连祖家这样的地头蛇都不敢说个不字，其他人谁还敢公然抗命？
在安排完一众旧有军将后，接下来就轮到新生代年轻将领登上历史舞台了。
以李重进为征虏将军、沈阳总兵，率四千骑兵、三千步卒留驻沈阳，负责沈阳城周边防御的同时，定期与松原等地驻军联络出兵，征伐东北方的后金残余。
以马祥麟为镇北将军、归化总兵，率七千骑兵、三千步卒，择机向归化城(呼和浩特)进发，在收复归化城之后留驻当地，等待朝廷由山西、延绥等地组织受灾严重的农户北迁，修筑重建归化城的同时，在周边开荒拓田，将归化城建成大明北境屏藩重地。
这一决定也是朱由检经过深思熟虑后作出的。
归化城是一座塞外名城。
隆庆六年