经常临时派遣侍郎、都御史、少卿等文职官员参与督运。至景泰二年(1451)，朝廷认为文官的参与必须常态化，所以奏请皇帝设立了漕运总督，并将原先的漕运总兵府改为总督府。
漕运总督长长的头衔中，提督军务这一条可是相当厉害。这就是说可以和其他各省的总督一样，拥有一定的兵权，并且漕运总督麾下兵马真是不少，名义上总督麾下足有两万余战兵，还有人数多达十二万的运军，就是跑船的这帮漕军。
漕运总督统领颍州兵备道、徐州兵备道、淮扬海防道，中都留守司之凤阳等7个卫，洪塘守御所，南直隶之庐州卫、扬州卫、高邮卫、仪真卫、滁州卫、徐州卫、淮安卫、大河卫、邳州卫、沂州卫、泗州卫、寿州卫、宿州卫，海州中守御所。所以漕运总督人称为帅、大帅、漕帅，他设有军门，有中军，左营、右营、城守营。他所在的淮安城的守卫，不须地方政府如山阳县、淮安府的来管，而是由漕运总督署城守营负责，地方官府只是协助而已。有战事还可调动所辖范围内的军队，如扬州营、徐州营等。
总督的权限包括督理钱粮、操练兵马、修理城池、抚安军民、禁革奸弊等事项。如有战事发生，可以选将调兵，组织备战。对于才能不济或是不听命令的官员，文职五品以下，武职四品以下，都可以参究、拿问乃至以军法从事。至于上书弹劾，致某一下级官员被贬被杀，更是小菜一碟了。
到任总督已经月余，跟随自己参加寿州大战的凤阳卫都已回归原位，郭太的徐州兵在把俘虏押送到淮安后，也回了徐州驻地。郭太此次叙功被朝廷擢升为徐州副总兵，因而对陈奇瑜更是俯首帖耳，两次跟随陈大人都能升官，这样的好事上哪找去。
卢象升带着天雄军和辽东骑兵以及黄得功部向湖广一带挺进，继续追缴张献忠等巨寇。
寿州之战俘获的五万余人已经在总督衙门兵丁的监护下，由工部都水司的郎中划分区域，开始对堵塞严重的运河中段进行清淤工作。
五万余人被分为二十队，每队不到三千人，由一百兵丁看守，在工部吏目的指挥下作业。
陈奇瑜自知不懂此间事物，所以将此事全权交于了工部郎中董藩。在吩咐下陈奇之督办清淤所需粮食之后，他便带人开始四处巡查走访，力求短时间内对漕运一事有所了解，到时好给皇帝上本，陈说其中利弊，以便使自己在皇帝眼中的良好形象再加几分。
这些俘虏绝大部分是农户出身，都是因田亩绝收才加入流贼队伍，所求无非是能吃顿饱