结束训练之后，联合水师列成两列纵队返航。
在联合水师战船的序列中，八十余条战船按照航速将分为三军，以避免笨重缓慢的船只拖累航速较快的战船。第一个纵队是由二十多条老旧战船组成，战船虽然老但船只和人数众多，战力也不容小觑。这支纵队称为水师中军。第二个纵队是四条汉军炮船和十多条新造战船组成，战船最新，航速最快，称为水师左军。第三个纵队由四十多条商船改造的战船组成，船体庞大但不够坚固，航速也最慢，称为水师右军。
左中右三军分别由三名统制官统带，三位皆是常年操纵战船，熟悉海上战术的水师军官。原两浙路水师总管李横被任命为中军统制官，汉将童云杰为左军统制官，原横海厢军水师统制杨钦为右军统制官。
南海水师初建，除了三名统制副都督之外，官职空缺极多。刘志坚、丁禁等跟随赵行德的将领进入南海水师，虽然并不是水师出身，但这些人深得赵行德的信任，又勇于任事，多获得了一船指挥的官职。这些军官也没让赵行德失望，历次训练中，他们统带的战船表现并不差，反而是一些老水师将领懈怠颟顸，赵行德一二再而三警告后，就将其降职甚至撤职。水师指挥就是一条海船的船长，在船上的威权极重，若失去这个官职，哪怕品级官衔不降低，地位也有天壤之别。因此，各船指挥无不在训练中全力以赴。
压力层层往下传导，使水师上下的要求、责罚都严厉到苛刻的地步。每次出海训练时，每条船从指挥到底舱水手，紧张得和真的打仗没什么区别。而训练完毕，右中两军列成一字主力纵队，左军在旁单列一成快速纵队，八十余条战船杨帆返回港口的时候，也就是大家最放松的时候。
赵行德深知“一张一弛”之道，从不在返航的时候搞什么“突然袭击”之类的。相反，归航的时候，上至赵行德本人，下至各船指挥，全都在后舱里写行军日记，总结这海训的得失。“老虎”打盹，“豺狼”偷懒，各层甲板上绝大多数的“猴子”们就可以完全放松了。
风正帆悬，海船行驶得十分平稳，只要少数水手当值，就能保持航向和各船的间距。
南海水师的战船多以广船、福船为主，船首高大而船底如刀，吃水极深，很容易在岸边搁浅。领航的是汉军战船，舵手对琉球的航道熟得不能再熟，闭着眼睛也能从礁盘中穿过。一艘海船的将海水劈开，波纹朝着两旁荡漾开去，波纹还未合拢，第二艘船再度将海水犁开，紧接着，第三艘战船，第四艘战船......