中的时候。而那时候，人类中那些具有着天生灵能力的萨满们，感知到了亚空间中混沌力量的翻涌。预见到了人类未来将遇到的黑暗命运。于是这些灵能者决定做出一个可以改变未来的决定。
在地球上所有萨满集体服毒自尽后的第二年，一个男婴降生了。他具有着非凡的体质和永生不死的生命，以及有史以来最强大的灵能力。据说在之后的四万年中，他一直默默地游走在人类社会的角落。帮助这个种族度过一次又一次的危机。
而在人类的纪元踏入第三十万年后，第二次黄金时代开始了。帝皇在很短时间里建立了军队，横扫了地球上的军队。然后地球的君主开始重新向外扩张，第二次将银河纳入囊中。他以自己的基因为模板。制造了二十个半神般的子嗣，又以这二十个子嗣的基因作为种子。建立了超人般的星际战士军团。亚空间的邪神将这些基因原体窃走，散落在银河各处，但是在这场大远征中，帝皇又重新一一找回了他们。
帝皇和他的二十个儿子一起横扫银河，将以往的失地重新收回囊中。他感化了火星上的技术崇拜者机械神教，因为他的睿智和博学，他们将其视为万机之神行走在人间的化身并奉他为主。在隐秘而不能确信的历史和神话记载中，他甚至在中世纪击败了入侵地球的古老星神虚空龙，并将其封印在火星深处的迷宫中。
而他的不世功业，却因为一场可耻的叛乱被中止了。
二十个星际战士基因原体中最强大的人，帝国战帅荷鲁斯被混沌诸神引诱而堕落，他带着一半的星际战士军团叛变，重创了数个被引入陷阱的兄弟军团，并挥师地球。在残酷的血战后，帝皇和忠实的圣吉列斯（圣血天使军团基因原体）登上了荷鲁斯的座舰。
而最后的战果是，圣吉列斯被混沌诸神诅咒而战死，堕落的帝国战帅荷鲁斯被帝皇的灵能烧成灰烬，但帝皇的身躯也遭受重创。在这之前，他专心致力于链接灵族的亚空间通道，使得人类可以自由穿行于宇宙。但是此刻他已然垂死，现有的科技已经无法使他痊愈，只能将他放进时间静滞力场中，在凝固的时间中，他的伤势不会恶化。而放置他圣躯的黄金王座，则是亚空间通道的中枢所在。
帝皇不朽的精神超过了时间的封印。即使他的肉身依然垂死，但是他灵能的光辉依然通过星炬指引着银河中的导航者，为他们指出穿行亚空间的方向。他的精神依然通过托梦、占卜等方式指引着人类的前进。
在大远征末期，帝国中便悄然兴起了以帝皇为崇拜对象的宗教。在他进