随后在1865年，工地上又爆发了可怕的霍乱疫情。大批埃及工人死亡，以至连送病人去急救站的人都找不到，也无人去处置工地上死去的埃及民工的尸体。
两场大疫，导致了超过五万人的死亡，而且是从上到下无差别的死亡。这使得整个工程的进度被大大的拖延了，毕竟法国技术人员也死了一大片嘛。
整个疫年期间，运河的工程几乎没有任何的进展，完全停摆了下来。然后因为工程停顿，导致市场对苏伊士运河的信心迅速跌落。
更重要的是英国人还在旁边煽风点火，说这不好那不好的，进一步重挫了市场。苏伊士运河的股票一路暴跌，甚至跌到连票面价值的一半都不足了。
恐慌的抛售潮出现，没有坚守住股票的人基本上血本无归。坚守住的人，则在1870年之后，都成了大富翁。