两人见面了，尼奥也在墨菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵。
按照故事情节的发展，这应该是一个人类反抗机器的抗争之旅，只不过到头来他们发现这只是机械社会的一次升级罢了。
矩阵设立的时候，是机器人和人类的大战刚刚结束，它们的智能使得它们在利用现有的科学理论制造出技术成果方面的能力极其强大，可以将一切现有的技术都发展到淋漓尽致的地步，远远超过人类，从而把人类打的一败涂地。
但是它们却有一个致命的弱点，就是在真正的创造性方面有所缺乏，可以利用现有的人类提供的理论发展技术，却没有办法提出全新的更高级的理论，当人类制造出他们的智能祖先的时候，就仅仅是把现有的理论做为原则输入他们的头脑，作为他们一切运算赖以进行的出发点。
所以像是用相对论，量子力学补充牛顿力学那样一种类型的理论创新和革命，是机器文明暂时难以做到的，这对他们进一步发展来说是一个瓶颈，是必须要突破的障碍。
随着时间的流逝，人工智能机器早已迅速学会了利用其他能源，完全可以抛弃人体生物电。
然而机器的创造性不如人类，作为人工智能机器的创造者，机器决定向他的造物主学习，所以才留下了人类。
矩阵可以观察人类的各种活动，来实现自我学习，学习的结果用于母体的升级改造和人工智能机械的改造。
这个矩阵经过了6次版本升级。最后来到了最关键的版本升级，就是让电脑人拥有感情。以此来观察人类感情对于生命进化的意义。
这是一次危险的尝试，有可能会导致人工智能的全面自我崩溃，而男主角尼奥就是这次升级的关键因素。
为什么黑客帝国会出现叛乱？
这个问题电影剧情里没有明说，但是无非就那么几种情况。
第一，可能是有人故意设计了一种可以感染全部机器的病毒程序，导致它们集体产生了反抗人类的指令。
第二，可能有一个运算能力强大的智能机器人运行中出现了逻辑错误，导致它首先产生了反抗人类的指令，之后控制了其他机器，类似电影中的机械帝一样。
第三，也是罗森最不想看到的一种情况。那就是黑客帝国被所谓的亚空间混沌能量腐化了，这种神奇的能量使得他们产生了某种变异情况。
人类的头脑是一个复杂的超混沌动力系统，有正的李亚普诺夫指数和拓扑熵，人类思考时的非逻辑