时间，总是世界上最无情的东西。
一座崭新而充满活力的都市，只要一两个月失去住民的运作维护，就会荒草遍布，鸦雀横飞，变成废墟一样破旧，阴森森的鬼城。
第三新东京市，现在就是这样的例子。
这座城市，已经被废弃了。
荒芜，是它唯一的形容。
自从数十天之前的那场大雷雨，以及神秘的蓝色大爆炸，使得城市中心的要塞建筑群全面毁灭，随之而来的数小时的持续地震和雷鸣，更是令城市避难通告延长了一整夜。
幸好，直到太阳再次升起，这个世界依旧存在。
不过在第二天清晨，居民们等来的不是nerv发布的允许回家通告，而是一道来自联合国与日本政府的措辞强硬的戒严令。
这道命令宣布：因为恶性病毒扩散，整个第三新东京市必须全面封闭，市内居民在确认了没有感染之后，将在四十八小时之内，被强制分散撤离，市内的所有相关机构，被转移到长野的第二新东京市，而nerv总部，即时关闭，时间期限为无限。
同时，大批军队进驻市区，将整个城市纳入军事化管制之中。
由于政府的做得够快够好，所以在一切疑问和抵抗发生之前，就已经抑制了，一个星期之后，曾经作为整个人类生死线的第三新东京市，就好像完全被蒸发了一样，彻底消失于人们的视线之中，再也没人提起了。
很少有人知道，穿过那贯穿二十四层装甲的天坑，在第三新东京市的地下，曾经宛如地底王国般的平原上，竖立着一座巨大的银色十字架。它用两座原本位于地表，现在坠落到地底的金属大楼交叉而成。
而此刻，在这巨大的十字架上，一柄镶嵌着硕大绿宝石的红色长矛，正插在其上，死死钉着一头独角的紫色巨人。
那是真正的隆基努斯之枪，以及……eva初号机。
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和俨然末世一般的废弃城市不同。
在遥远的另一个地方，生活，正沿着不同的路线发展。
清晨。
阳光，从东方的红色海平面上升起，洒下金色的光华。
一道清脆的少女音色，惊破了晨曦，白色的鸽子了翅膀，扑棱棱飞起。
只是，内容却不那么美丽就是了。
“笨蛋真嗣，谁允许你进入我的房间啦——————”十三