四年平叛之战，始设军府制政权，期间阿尔泰划归科布多参赞大臣辖制，乾隆二十五年（1760年）设伊犁办事大臣。
乾隆二十七年（1762年），清政府在伊犁设立“总管伊犁等处将军”（史称总统伊犁等处将军，简称伊犁将军）。治惠远城，统辖新疆。
直辖伊犁参赞大臣，节制乌鲁木齐都统，乌什（本章未完，请翻页）